Вообще-то все досы и виндоусы ищут системные файлы не по номеру сектора, а по имени файла - просто дизассемблируйте бут-сектор и убедитесь.
Если проблемы и бывают, то из-за того, что системный файл лежит дальше какого-то предела (например, за 128-ым гигабайтом диска). Но в данном случае, чтобы не случилось такого казуса, распаковывайте архив на чистый диск.
Кстати, распаковываемый архив тоже можно организовать по-умному - при создании архива сначала добавляйте системные файлы, а потом всё остальное (WinRAR это позволяет, при этом порядок извлечения файлов будет соответствовать порядку их добавления) - и первыми на диск запишутся системные файлы (в секторы с малыми номерами). У меня на всякий случай так и было сделано. :)