1. Неверно сгенерирован Makefile - его люди обычно не генерируют а пишут.... :)
2. Возможно в Makefile(е) не стоит опция -g компилятора. Без нее отладка невозможна...
3. Возможно в Makefile(е) указан не поддерживаемый Студией формат отладочной информации.

З.Ы. Если хорошо не знаете утилиту make и сопутствующие ей тулы (gcc, objdump и пр.) - , для начала, рекомендую пользоваться опцией "Автоматическая генерация" в Студии - тем более, что она все позволяет там делать... И глобальные дефайны и подключение внешних библиотек... Только библиотек генерить не умеет... Однако это не мешает разрабатывать большие проекты - Makefile и потом переписать не поздно...

Ну а дальше - придется поизучать GCC - опыт весьма полезный...
Один раз выучил - и на всю жизнь...

Брань при компиляции придется разбирать... Без разбору никуда...