натравил прогу на новую папку- она все файлы просмотрела, записала их количество и имена в какойто файл конфига. Далее при каждом запуске софта она просто проверяет количество, без индексации, а ты оперируеш не файлами а строками в файле конфига. Ну и в фоновом режиме потихоньку обновляет индексацию.
А еще лучше сделать добавление-удаление файлов через форму самой программы, а не через проводник.Тогда сразу индексация.