ksh -c "cd myfolder" - эта команда создает новую сессию ksh и внутри ее переходит в каталог, а в текущей сессии каталог остается прежним, о чем и говорит pwd

в Makefile пишутся команды для make, а не для оболочки. возможно, траблы в том что от начала строки все команды ДОЛЖНЫ отделяться (отступаться :) табуляцией, 8 пробелов тут не подойдут, а заменять табуляции пробелами любят некоторые редакторы