Я для себя подобные проблемы давно решил следующим способом: Разбил жесткий диск на два - С и D. На С - только программы, на D - данные. Отформатировал С, поставил на нем драйвера, все нужные программы, настроил сеть. После этого с помощью программы Acronis True Image сохранил образ диска С. Записал его на загрузочный DVD вместе с самой программой (ей же). Если теперь появляется хоть малейшее подозрение на вирус или повреждение виндов, запускаю
восстановление сохраненного образа. При этом содержимое диска С со всеми программами (и вирусами, если они есть) полностью уничтожается и на это же место байт за байтом выкладывается сохраненная копия готовой системы. У меня эта процедура занимает примерно 30 минут. В результате - как если бы полностью отформатировали диск С, поставили драйвера, все программы.