в общем всё получилось, оказывается надо было в окне Load Netlist "жмакать" галочку "Check for copper Sharing". Тогда VIA переходят присоединенными к Net. Вероятно, возможны ошибки когда центры дорожек не совпадают с центрами VIA, но наверное DRC потом поможет найти и исправить эти редкие ошибки.