Я никогда не пользовался STK500 или AVRISP. Не знаю как выглядит процедура апгрейда. Формально программатор (1200-й) должен не откликаться (и ничего не делать), пока ему головной (8535) не разрешит. Но сразу же нужно запретить головному откликаться. ИМХО, для этого достаточно того, что я написал выше - головной даёт нолик (и это, ИМХО, логично), когда ему сказали, что его пора апдейтить. Программатор поллит этот нолик и тупо ресетит головной. Тот, соответственно затыкается и ничего не отвечает;). Если же процедура апгрейда позволяет стартануть головному после заливки проги в него без передёргивания питания, то что-то должно быть чуть сложнее - либо программатору комп постоянно даёт команду Leave Programming Mode "L" (кстати по ней он, вероятно, тоже мог бы стартовать, но это опасно, так как в данных такое легко модет быть), что удерживает его на время в режиме программирования, либо чего-то умнее.