или даже может хватить места во внутренней FLASH МК, если взять что-то типа ATmega128. Или грузить конфигурацию с компьютера через микроконтроллер, если Ваш прибор должен работать только с компьютерем. Используете режим PS, генерите Квартусом файл в формате Raw Binary. Если этот файл закриптовать, а процессором при загрузке раскручивать, то дополнительно защититесь от копирования. Ну а для отладки можно предусмотреть разъем JTAG.