AVR Studio помогает при отладке каких-то элементов программы. Отладить же программу в 500 строк в AVR Studio практически не возможно. Тогда помогает индикатор (LED, LCD), или UART. Когда программа дошла до определённого места она пульнёт на индикатор, или UART содержимое интересующей переменной. Я отладку начинаю с интерфейсов. Далее, с их помощью, всё остальное.