так без индекса селект все равно будет перебирать всю таблицу, даже если она и записана попорядку, а с индексом будут выбираться только нужные записи. В комплекте с MySQL-ем раньше была утилитка типа для проверки-восстановления базы, она работала на уровне структуры данных, может как раз то, что нужно