Т.к. при входе в него дальнейшие прерывания автоматически запрещаются самим МК (сбрасывается бит I в SR). А в каком именно месте каждого обработчика это делать - зависит от программы. Обычно это делают либо по завершению Time-Critical секции обработчика, либо в его начале