то можно взять sam9260 - у него 32к встроенной ROM, на ее основе можно организовать защиту от копирования. Если на плате есть датафлэш AT45d, то у них есть идентификатор, если есть возможность перекомпилять программу на каждый экземпляр, то можно сделать невозможным простое копирование прошивки - придется ее дизассемблировать и крякать привязку к конкретной флэшке.