Если под "третьей фазой" подразумеваются импульсы начала отсчёта (один или несколько на оборот/ход датчика, то они служат для обеспечения повторяемости положения рабочего органа (рука робота, суппорт станка) при использовании импульсного датчика как датчика как датчика положения.