Зравый смысл подсказывает, что прерывания не должны запускаться, если сброшены соответствующие флаги. Используя интерфейс AVRStudio, при симуляции я не позволяю таймеру переполниться - только в этом случае все ОК. Если таймер не сдерживать, прерывание, как я уже писал, запускается, даже если предварительно снять его флаг.