Определяю в программном модуле, к которому ближе по смыслу. На весь проект делаю общий хидер, в котором комментариями отделяю секции для каждого модуля. А в секции - прототипы функций и переменных. Но то было раньше. Сейчас стараюсь все перевести на ООП.