После инициализации USI (SPI,slave) и зарядки первого "патрона" (т.е 16бит данных), МК видит только 15 входных SCLK, а не 16!, далее всё нормально в тех же процедурах/прерываниях. Мастер (аппаратный) читает c частотой не более 1Гц и управляемый по началу опросов, так что инициализация МК всегда успевает. В отладке никаких спящих режимов не используется. В выдаче мастером правильных последовательностей сигналов не сомневаюсь.