EEPROM в MSP нет. В RAM необязательно - код, выполняемый во флэш, прекрасно ее-же и шьет (естественно в других страницах). Ну и счетчик - да, я называю это методом "палочек" ;) - пишем побитно. Только не единицы, а нули - так уж флэш организована. Потом стираем страницу после заполнения...