Ответ: В самом hex файле не сохраните - он не предназначен для этого. Можно воспользоваться, например, программатором avreal для того, чтобы считать текущее состояние фузов чипа. Если ему дать в командной строке название чипа, тип программатора (в моем примере STK200) и номер параллельного порта, к которому он подключен, то получим на экране состояние всех фузов чипа. Если перенаправить вывод в файл, получим эту же информацию в текстовом файле. Пример строки вызова: avreal32.exe +mega163 -p378 -