Так это похоже досовский загрузчик окошек глючит. Есть информация, что установочный раздел под Windows 98 не должен превышать 32 Гб, т.к. это макс. размер, который понимает DOS 7.1 (т.е. досовский загрузчик). У меня C под 98 - 15 Гб. А как окошки загузятся, так и прекрасно работают со всеми размерами FAT32/