делаю bat файл с командной строкой где указываю все нужные настройки фузов и т.д. А в CodeVision ставлю галку "Запустить после успешной компиляции" и указываю на этот файл. По крайней мере так делаю в как минимум течение последних 20 проектов - проблем никаких, очень удобно