В микроконтроллере наверняка есть компаратор. Фазовый детектор для прямоугольных импульсов - это просто 1 элемент XOR. Нах тут всякие Фурья - Герцеля совершенно непонятно. Обычный подсчет длины импульса таймером (импуль с выхода ФД). Похоже некоторых товарисчей просто переклинило на этой цифровой обработке, они скоро ей станут заменять логические элементы.