если синус генерируете Вы сами и тоже в цифре, то частоту Вы знаете точно, посему можете сделать петлю ФАП, которая подстраивая фазу дополнительного опорного генератора будет минимизировать разность фаз между ним и тем генератором, который выдает синус наружу. Ну дальше разность фаз это просто фаза первого генератора минус фаза второго.