Это понятно. Но если в этом универсальном дивайсе в текущий момент прошива JtagIce, то надо будет сначала залить AvrIsp, прошить в таргете фузы, а потом опять залить JtagIce (это для отладки свежего кристалла)... Я ленивый :) Посему и думаю оставить - JtagIce и AvrProg там живут одновременно...
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)