счётчика в заголовке ещё не означает, что пакеты будут приходить по очереди, один за другим. Счётчик как раз и нужен для последующей сортировки на железе. Что касается счётчиков в UDP, то их можно записывать в поле данных. Собственно, вся IP-телефония на этом и держится.