Нашел причину. Надо читать Errata LPC2129. Вобщем на чипах с bootloader ниже v.1.63 гарантируется работа IAP при записи и стирании на частотах до 12 МГц и с отключенной PLL. Надо обновлять bootloader.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)