1. дело в том, что галванически развязать аналоговый сигнал
практически невозможно/дорого развязывают обычно по цифре
в Вашем случае, как уже писал, интерфейс стандарта usb 1.1
соответственно Вам нужно почитать стандарт - что касается физической
его составляющей (ограничения на фронты в кабеле usb)
2. можно попробовать другую плату (и другого производителя) для
сбора данных (google!) и необязательно с usb интерфейсом. есть
конвертеры usb <-> rs-232|rs-422|rs-485 со встроенной гальваноразвязкой со стороны rs-порта
3. если требуется точностть частоты генератора (который у Вас управляется по частоте и амплитуде) то может быть лучше цифровой синтез? (в температуре перестраиваемый звуковой генератор скорее всего "поплывет")