вариант 1 : Если есть более, чем 1 канал АЦП, то подайте на второй канал сигнал либо через ФВЧ, либо через ФНЧ. В первом случае по второму каналу получите чистую оценку амплитуды переменки, во втором - то, что вычесть из нулевой частоты.
вариант 2 : используйте неравномерную дискретизацию.