просто суммировал в скользящем окне совпадение и несовпадение знаков. Затем суммировал бы значение счетчиков и делил на показания счетчика несовпадений в каждом окне. Если умножить на 360 сдвиг фаз будет в градусах. Если количество выборок в скользящем окне увеличивать, точность будет возрастать (правда, зависимость квадратичная). Шум, в разумных пределах, влиять не будет.