Пока не будет стабильно проходить "-y" даже и не пытайтесь что-то другое делать. -y это внутренний тест контроллера. И глючит он либо от некачественного клока от TCK_RET и до 8990, либо пайка-контакты. Про SA1.1 - это SW1:A? То есть согласование клока? Если так - то точно глюки в клоке. Ну и (вдруг)стабилитрон VD2 не забыли ликвидировать, заменив диодом шоттки анодом туда и катодом к 3.3V? Это давно известный мой глюк, пофиксенный в новом POD, но он еще не вышел.